Müokardiidi medikamentoosse ravi peamised suunad määratakse müokardiidi patogeneesi peamiste seoste järgi: infektsioonist põhjustatud põletik, ebapiisav immuunvastus, kardiomüotsüütide surm (nekroosi ja progresseeruva düstroofia, müokardiitilise kardioskleroosi tõttu) ja kardiomüotsüütide metabolismi häire. Tuleb arvestada, et lastel tekib müokardiit sageli kroonilise fokaalse infektsiooni taustal, mis muutub ebasoodsaks taustaks (keha mürgistus ja sensibiliseerumine), aidates kaasa müokardiidi tekkele ja progresseerumisele.