P. jiroveci on mikroorganism, mille taksonoomiline positsioon pole kindlaks määratud. Enamik teadlasi liigitab selle algloomade hulka (alamtüüp Sporozoa, klass Haplospora). Viimastel aastatel on aga kogunenud tõendeid, et ribosomaalse RNA nukleotiidjärjestuste kohaselt on pneumotsüstiline seentele lähemal. See on rakuväline parasiit, millel on valdav tropism kopsukoe suhtes, mõjutades esimese ja teise järgu pneumotsüüte.