Kaasasündinud tsütomegaloviiruse infektsiooni korral sõltub lootekahjustuse iseloom nakkusperioodist. Äge tsütomegaloviiruse infektsioon emal esimese 20 rasedusnädala jooksul võib põhjustada rasket lootepatoloogiat, mille tagajärjeks on spontaanne raseduse katkemine, loote emakasisene surm, surnult sündimine, defektid, mis enamasti on eluga kokkusobimatud. Tsütomegaloviirusega nakatumise korral raseduse hilisemas staadiumis on lapse elu ja normaalse arengu prognoos soodsam.