Kliiniliselt saab šigelloosi diagnoosi panna ainult haiguse tüüpilise koliidi variandi korral. Diagnoosi selgitamiseks juhtudel, mida laboratoorsed testid ei kinnita, tehakse rektoskoopia, mis kõigil šigelloosi juhtudel paljastab koliidi (katarraalse, hemorraagilise või erosiooni-haavandilise) pildi koos distaalse käärsoole limaskesta kahjustusega, sageli sfinkteriidiga.