Harjumuspäraste raseduse katkemiste struktuuris eristatakse geneetilisi, anatoomilisi, endokriinseid, immunoloogilisi ja nakkuslikke tegureid. Kui kõik ülaltoodud põhjused on välistatud, jääb alles patsientide rühm, kelle harjumuspärase raseduse katkemise päritolu on ebaselge (idiopaatilised raseduse katkemised).