Püelonefriidi kõige levinumad põhjused on Entembacteriaceae perekonna esindajad (gramnegatiivsed kepikesed), millest Escherichia coli moodustab umbes 80% (ägedate tüsistusteta juhtude korral); harvemini esinevad patogeenid on Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.