Vaatamata laste alatoitluse arengut põhjustavate etioloogiliste tegurite mitmekesisusele põhineb selle patogenees kroonilisel stressireaktsioonil - ühel keha universaalsetest mittespetsiifilistest patofüsioloogilistest reaktsioonidest, mis esineb paljude haiguste korral, samuti pikaajalisel kokkupuutel erinevate kahjulike teguritega.